El contrato de aprendizaje no corresponde a una relación laboral, por lo cual, el mismo se limita a su ejecución en un plazo que no puede superar dos años, teniendo como objetivo la ejecución de la práctica de todo lo aprendido teóricamente.
Sin embargo, el hecho de que no exista una relación laboral no excluye que la empresa patrocinadora deba asumir el pago de la afiliación al Sistema de Seguridad Social en Salud y Riesgos Laborales, por lo tanto, allí es donde se evidencia la duda de muchas empresas, en el momento que se presenta una incapacidad del aprendiz que supera los 180 días.
El Sena se ha encargado de regular este tipo de situaciones, por lo cual expone que el contrato se suspende, lo cual significa que durante la incapacidad no se va a realizar ningún tipo de actividad por parte del aprendiz y sobre todo, que aun la empresa continua con la obligación de realizar los aportes a la EPS en la cual el aprendiz se encuentre afiliado.
Ahora bien, cuando la incapacidad supera los 180 días, corresponde a la EPS, por medio del régimen subsidiado, reconocer al aprendiz la incapacidad o emitir el concepto favorable, y si bien no se ha determinado un tiempo en el cual se suspenda el contrato de aprendizaje, se debe tener en cuenta que, si la incapacidad supera un año, la empresa patrocinadora tendrá la posibilidad de terminar el contrato, esto, debido a la imposibilidad de continuar con el mismo y evidenciando que se puede llegar a tomar como una justa causa, en analogía con el Código Sustantivo de Trabajo.