La junta nacional de calificación de invalidez es un organismo del sistema de seguridad social adscrita al Ministerio de Trabajo cuyas decisiones son de carácter obligatorio, se rige por el Decreto 1072 de 2015 (decreto único reglamentario del sector trabajo), por lo tanto, las funciones exclusivas de la junta nacional de calificación de invalidez corresponden a:
En primer lugar, decidir en segunda instancia los recursos de apelación interpuestos contra los dictámenes de las juntas regionales de calificación de invalidez, respecto del origen de la enfermedad, el estado de pérdida de capacidad laboral, fecha de estructuración de la invalidez y la revisión de la pérdida de capacidad laboral (PCL).
En segunda instancia, antes del mes de marzo de cada año remitirán a la dirección de riesgos laborales un informe sobre las líneas de interpretación en la emisión de dictámenes de pérdida de capacidad laboral.
En tercera instancia, deberán proceder con la devolución del expediente a la junta regional de invalidez junto con el dictamen emitido una vez ya esté en firme.